Os imáns supercondutores fanse utilizando o fenómeno de que a resistencia dos materiais supercondutores diminúe a cero a unha determinada temperatura. Normalmente están feitos de material de aliaxe de niobio-titanio e arrefriados por helio líquido (4,2 K). Cando a corrente atravesa a bobina magnética, despois do campo magnético, desconecte a fonte de alimentación para formar un campo magnético estable e uniforme. O imán mantén a bobina por debaixo da temperatura crítica a través do refrixerante e non se necesita alimentación adicional.

Os imáns supercondutores poden producir maior intensidade de campo magnético, mellor estabilidade do campo magnético e uniformidade do campo magnético. Isto significa unha mellor calidade de imaxe, mellor relación sinal-ruído, contraste e resolución e unha velocidade de imaxe máis rápida.

Os imáns supercondutores convencionais teñen xeralmente unha estrutura en forma de barril, que é propensa a unha potencial "claustrofobia" e non é propicia para a operación dos médicos e a observación de signos de mascotas baixo anestesia. Ademais, debido a que o imán superconductor convencional ten un campo magnético disperso maior, é necesaria unha área de instalación máis grande do dispositivo.